看彼得pellitier '14讨论他的研究项目。

师生的研究是波莫纳的教育使命的重要组成部分。在生物学中,研究过程中,教导学生如何看待一个科学家。从事与教师科研工作紧密学生发展,形成生物问题,并在严格的方式回答这个问题所需要的技能。

所有的生物专业的学生无论是进行原始实验或野外研究项目或开发他们的高级高峰体验的原创性研究的建议,但鼓励学生从事研究的资深年之前。一些学生首先成为一个研究实验室担任助理从事 - 帮助教员和先进的学生与他们的项目和开展实验室支持的任务。该部门还鼓励学生 花一个夏天 或参与生物研究一个学期,无论是在校园或通过许多可用的科研实习课程或生物场站项目之一教员的工作。

有志于研究或实验室助理职位在生物系的学生应与潜在的辅导教师。

2017

如何mixta类转录因子调节花瓣细胞的形状?

泰莎芬利'18;顾问:法比安斯基jammes

在植物中,表皮起到介导与环境植物的相互作用许多重要的功能:它是植物抵抗感染的第一道防线,有助于促进授粉的吸引力,并控制蒸腾。在大多数被子植物,在花瓣锥形表皮细胞代表一个长期存在的问题与多个竞争假设:它们可以在花瓣疏水性,传粉的吸引力,和/或光散射有关。我们从两个主要观点解决这个问题:a)一个进化系统发育分析,它涉及在多个沟酸浆属物种定量细胞形状和在计算机芯片上,并通过QPCR作为用于影响花瓣细胞形状确定候选基因进行比较; b)蛋白功能分析,其中涉及产生转基因的突变体对我们的候选基因分离每一个基因,这将有助于我们理解的调控通路他们正在参与的表型效应。初步的共焦成像研究表明,角质沉积起到了显著在圆锥细胞形成中的作用,因此,我们计划使用转录开拓了我们的突变品系参与角质形成激素/下调。
教授科温·汉希和布鲁斯telzer本科生科研基金:资金提供

使用SCA来预测ERF1功能相关的残留物

安然唐'18;顾问:安德烈·卡瓦尔康蒂

统计耦合分析(SCA)是基于这样一个氨基酸蛋白质功能协同范围内,并且其氨基酸序列应该是反射这种相互作用的氨基酸残基的想法最初由兰加纳坦(2009)开发的方法。通过在多序列比对的位置保护的措施加权位置之间的协方差的计算中,SCA标识相关残基的基团,称为“扇区”。欧文和我已经进行相当大的修改SCA的发布版本中,目标是并入高品质和直观的结果可视化精确和自动分析。该方法的Python实现开发这个夏天并适用于真核释放因子1家(ERF1)功能相关残留物的鉴定。 SCA是能够识别ERF1的晶体结构在空间上进行分组残基的三个扇区。几个残留围绕在先前确定必要的图案,说明其生化意义。部门之间相互协还观察到,这表明部门之间的合作。下面的Python实现SCA的,我打算将该方法应用到其他充分研究的蛋白质家族和整合者接触映射并在各部门内部和之间的相关议案的电脑模拟,作为扇区的有效措施。
教授科温·汉希和布鲁斯telzer本科生科研基金:资金提供

含氮废物排泄整个鼠妇的萌芽发展

阿尔弗雷雷耶斯-Guzman的'20;顾问:乔纳森赖特;合作者:肯纳schammel '19

在其整个发展的不同阶段,鼠妇的胚胎为他们的含氮废物,包括尿素,尿酸和氨,动物的三种常见的含氮废物进行了测试。有袋流体还测试了氨和每个胚胎体积。胚胎以及青少年的谷氨酰胺浓度进行了测定。在胚胎发育的最后曼卡阶段,而排氨下降尿酸排泄存储显著增加。有袋输液量在整个发展直到曼卡阶段,它大大降低了一致。通过在此期间切换到尿酸排泄存储,mancas避免暴露于可能有害的氨浓度。
保罗·K:通过提供资金。里克特和evalyn即煮里氏纪念基金和玫瑰山丘基础SURP补助

沿海等足类动物的空中和水生生物的呼吸

撒迦利亚·哈里斯'18;顾问:乔纳森·赖特

地面足类动物(目oniscidea)包括居住在海洋沿岸带几个基础的家庭。许多这些沿岸物种的定期在水中延长的时期浸没通过波飞溅或高弹簧潮汐。然而,呼吸结构物种之间的差异,有些是更好地适应比其他水生气体交换。这项研究侧重于在空气和海水中六个不同的沿岸等足类的呼吸能力。通常,人们发现,在水中与利贾望江南和ligidium lapetum,两者具有气体交换未修改腹肢鳃外淹没时,大多数物种曾在VCO2及VO2的下降。尽管拥有精心内部肺的,浸渍时tylos毛虫也能够有效的气体交换,可能是由于一个能够捕获的气泡在腹肢表面。由克莱伯定律所预测的,虽然淹没率有显著陡峭的指数规模在空气中的代谢率与动物质量allometrically缩放。在水中所有物种测试的存活至少7小时。
教授科温·汉希和布鲁斯telzer本科生科研基金:资金提供

有缺陷的精子原因低育雏大小在C。线虫应变

玛丽 - 克莱尔哈里森'18;顾问:萨拉奥尔森;合作者:阿利亚qurashi '20

秀丽隐杆线虫施肥是一个复杂的过程,涉及到许多基因,其中一些仍然被发现。在2016年,ADINA格威茨(UCSD)确定了四个基因出现,删除的时候,影响秀丽隐杆线虫的能力自我受精并产生存活的胚胎。的基因在技术上列为zk813.1,zk813.2,zk813.3和zk813.7,但可以按“Z基因”被引用。然而,后来她通过远缘杂交是在Z基因的缺失并没有造成这种菌株观察受精缺陷发现。为便于表示法,应变继续为z菌株被称为,即使它是最有可能是连锁的基因导致的表型。调查什么可能导致这种缺陷相反,株用两个标记株,eg1000和eg1020交叉。这个实验的结果表明,突变,就像在Z基因,是蠕虫的X染色体上。接下来,为了确定缺陷是否影响精子或该菌株的蠕虫的卵母细胞中,Z雌雄同体用N2(野生型)雄性杂交。观察到正常育雏大小,表明在育雏尺寸的减小是由于在z应变缺陷精子。该菌株的X染色体的进一步分析可以识别负责该表型的基因。
通过提供资金:弗莱彻·琼斯的基础上,教授科温·汉希和布鲁斯telzer本科生科研基金

使用CRISPR-cas9鉴定参与植物免疫基因

亚当haochun阳'20,顾问:迈克尔·布朗

理解植物免疫系统的基因是至关重要的,因为这将帮助我们确定植物如何操作和打击病原体。更重要的是,更深入地了解植物免疫力,不仅可以开发出更多富有营养的作物将在低于理想土壤中生长,同时也减少对农药和化肥的依赖。因此,它是鉴定参与免疫力的基因是至关重要的。在这个项目中,我们的RNA测序数据集这表明上调为病原体反应的基因,我们能够选择lin6基因,其上调然后通过定量PCR证实。为了证明植物免疫lin6的重要性,我们也想从植物显示出增加的阻力时lin6过度表达,而当它被沉默抵抗力下降。然而,有针对性的基因敲除的困难,所以我们已计划使用CRISPR,其中包括使用cas9-grna复合物来除去现有的基因。做到这一点的工厂,我们有克隆cas9和grna到农杆菌然后以表达他们的植物。目前,cas9已被克隆到农杆菌,而grna仍然在Ti质粒。在未来,我们希望我们沉默GFP,那么基因我们感兴趣的,像lin6的敲除进行概念实验的证明。最后,我们也有兴趣在使用死cas9,这将降低表达而不改变植物DNA。
保罗·K:通过提供资金。里克特和evalyn即煮里氏纪念基金

在普通燕鸥弟妹的困境

克莱尔·弗林'19;顾问:龚如心的Karnovsky

这项研究的目的是跟踪在缅因湾,包括普通燕鸥,燕鸥全国奥杜邦协会的海鸟恢复计划(nassrp)的生产力和海鸟的许多物种的生长。在nassrp的岛屿,沿海岛屿有更高的S。鸥生产率比外岛。我假定生产率的差异会影响每巢比第一阴影更阴影第二和第三雏鸡的生长。检验这一假设,我曾在海豹岛国家野生动物保护区2017年的繁殖季节,我在那里监视秒。鸥隔日巢12周。我录巢和离合器尺寸的数量,每巢卵的数量和质量的小鸡和翼弦每隔一天,直到他们成熟的。利用这些数据,与来自其他岛屿以及那些在过去几年收集一起,我会比较近岸和近海岛屿之间雏鸡的平均线性增长率。我希望年轻的小鸡的平均增长率将显著较高的近岸岛屿比近海岛屿,不过这首先孵出小鸡的平均增速不会殖民地之间的不同。我还将分析随着时间的推移,以评估以s际差异增长率的差异。鸥小鸡生长。这项研究可以表明,随着食品的可用性较低岛屿有不太成功的年轻的鸡,因为家长更注重第一孵出的小鸡。
福塞特催化剂基金SURP批:资金提供

等足类动物是超级监管机构的颔下腺体?

克莱顿ziemke '18,顾问:乔纳森·赖特

在地面等足类动物(亚目oniscidea),上颌骨的腺体是产生尿排泄器官。在一些物种中,上颌腺体能够产生尿液稀释的,并且可以参与超调节用于其它物种是低渗条件定期主题。这项研究考察了二沙穴居等足类(alloniscus perconvexus和tylos毛虫),通过产生稀释尿中低渗溶液浸泡过程中的Hyper-调节他们的血液渗透压的能力。研究发现,这两个物种具有低渗透渗透率和能够超监管,但没有发现尿液稀释生产的证据。
弗莱彻·琼斯的基础:资金提供

一个更好的价值:最终biol40实验室的重新设计

ANA史蒂文斯'20,顾问:安德烈·卡瓦尔康蒂

在PCR实验室是学期澳门皇冠的介绍遗传学课程(biol40)的最终实验室。学生测试的ALU基因插入自己的DNA和类的数据进行比较,从民族人口来自世界各地的数据。该实验室是为了让学生与程序,与一般的生物学正相关,不论其既定的职业道路。然而,已经用于分析从实验室PCR检测结果的Web应用程序已经过时,而且不方便。它经常死机,深受学生的多组同时使用时尤其如此。这浪费时间,可以是学生和教师之间的挫折感的来源。我们的项目是完全重写用于分析数据的应用程序到实验室现代化。我们使用Python和JavaScript来创建用于该项目的数据分析响应接口。此外,新的应用程序是在澳门皇冠的领域,而不是第三方托管。重新设计的实验室更高效和用户友好的比旧的版本,我们计划将其集成到biol40课程秋季学期2017年。
部门资金:资金提供

原油通过索尔顿湖泥火山微生物降解

CLEO福尔曼'20;顾问:安德烈卡瓦尔康蒂;合作者:micayla乔治'20,艾琳苏'19

生活在索尔顿湖泥火山中的微生物进行无氧呼吸,用硫代替氧作为最终电子受体。这个实验室检查在索尔顿湖两个不同的泥火山,一个在65℃,另一个在10℃。该实验室的前期研究和外部资源,通过GCMS分析,显示了强大的证据表明某些硫酸盐还原在索尔顿湖泥细菌和古细菌,千万厌氧降解许多苯系化合物。但是,如果没有硫作为电子受体的存在下,没有这样的降解完成(李,2016; rueter等人,1994)。因此,有理由相信,硫循环,其中该实验室专门和烃降解原油,被链接。分析今年夏天集中在前面的泥样宏基因组学数据,我们发现有在65℃和10℃之间,并且被证明许多苯系化合物的降解途径由65℃和100℃的微生物组来完成,以不同程度的微生物群落显著差异。
通过提供资金:玫瑰山丘基础SURP补助和教授,科温·汉希和布鲁斯telzer本科生科研基金

使用crisprcas9变异naa20在果蝇

艾伦王'20;顾问:克拉丽莎切尼

N-末端乙酰基转移酶B(NATB)共翻译修饰GDP解离抑制剂(GDI),其在所述RAB-GTP酶途径中的关键作用。 NATB由催化亚基,被称为naa20,和所述非催化亚基,psidin的。我们将变异使用CRISPR / cas9系统在果蝇的基因cg14222,因为目前该基因没有有效的飞行突变。以往的研究表明,利用RNA干扰(RNAi)的cg14222基因敲除得到只有少数的女幸存者对腹部的男性色素沉着。在cg14222基因敲除可以给我们如何naa20功能有了更深的了解,相较于psidin。
埃尔金基金暑期学生的研究:资金提供

在拟南芥分离和扩增丝裂原活化蛋白激酶9的

麦克拉·因斯'18;顾问:法比安斯基jammes

脱落酸(ABA)是一种植物激素负责气孔孔径的调节。气孔是在植物中的水损失的主要来源,并且它们的闭合是在干旱条件的适应性反应的一个例子。经由ABA信号触发气孔关闭的生物化学途径包括两个MAPK基因,mpk9和mpk12,这两者都是优先在保卫细胞中表达。先前的研究已经表明在ABA介导的通路即mpk9和活性氧的下游mpk12功能,和阴离子通道活化的上游。涉及蛋白定位和mpk9的蛋白质伙伴存在几个问题仍然没有答案。然而,开始研究mpk9之前,有必要从野生型拟南芥利益该基因分离。然后mpk9基因扩增,并克隆到用于在这个项目上进一步使用的表达载体。
院长的多元化基金:资金提供

水苔:大自然的风枪

米歇尔李'20;顾问:德怀特特克;合作者:pulkit邦萨尔'19

水苔使用的涡环驱散其孢子。这些涡流携带孢子高达15厘米,在那里他们可以被风容易携带的高度。在这个实验中,我们的目的是分析利用计算流体动力学这些涡环。我们推测,不像动物产生的涡环,这些环是次优的。我们使用ANSYS FLUENT模型从泥炭胶囊流场。这个夏天,我们模拟一个简单的涡环系统“段塞流”,来测试我们的模型的有效性,并最终测试我们的假设。
舒尔茨基金环境研究部门资金:资金提供

植物病原体相互作用:豆类,豌豆作为异源基因表达的替代模式生物

保雷耶斯达扎'19;顾问:迈克尔·布朗

理解植物免疫系统的遗传学是优化农业生产至关重要,因为成功的作物是那些有效地打击病原体。一旦基因拟参与防守,它的作用可以通过基因过表达证实,因为有利于蛋白质的丰度应赋予更大的阻力。本塞姆氏是这方面的研究一种流行的模式生物,因为它容易受到通过农杆菌瞬时表达。这个项目的目标是评估豆子/豌豆在其中过表达基因的替代生物。我们设计的Ti质粒编码绿色荧光蛋白(GFP),然后转化成农杆菌,这是我们用于感染植物和递送GFP基因。我们的初步数据表明,这种方法对异源表达是成功的一些豆子/豌豆。而蚕豆显示,只有当二,三周龄渗透GFP表达,豌豆是最好的大约两个星期后渗透。在其中渗透鹰嘴豆的最佳年龄尚不清楚。共豌豆,蚕豆和鹰嘴豆的潜力,是免疫学研究的替代模式生物表明承诺。在未来,因为我们的初步转录分析表明,扩展蛋白样蛋白1在西红柿被上调响应于多种病原体,这细胞壁修饰蛋白可以是第一免疫相关基因,我们在这些生物体进行测试。
生物系资金:资金提供

2015

科圆科圆的细菌和真菌病原体窝

杰西卡·埃尔南德斯'15;导师:龚如心的Karnovsky

海龟都居住这个星球的210多万年前。即使在今天,他们是世界上最大的爬行动物,但不幸的是他们是最濒危的动物之一。所有海龟被认为是濒危或易受灭绝,在大多数的七个海龟物种的30-80%的人口下降。而误捕,沿海开发,天敌,污染不利地影响海龟,另一个突出的威胁,包括机会主义细菌和真菌病原体。感兴趣的在这个项目中潜在的病原体是粘质沙雷氏菌和茄病镰刀菌,两者都在或海龟蛋先前发现与物种科圆科圆的死亡率相关。测试对于S的存在。沙雷氏菌,我收集了泄殖腔粘膜的样品从嵌套母,从巢里沙,沙从1米窝了。测试对于f的存在下进行。菌,我收集了鸟巢(孵化后)真菌感染的鸡蛋。我然后接种营养琼脂填充培养皿与每个样品并在室温下将它们存储孵育三天。虽然我迄今在所有接种的平板观察混合菌落生长,所有的样品已经负对于s。沙雷菌和f。菌。
通过提供资金:玫瑰小山

生物反应和的社区相关耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的代谢物的细胞毒性

玛丽亚国际志愿组织'18;导师:朱丽叶咀(加州大学圣地亚哥分校),迈克尔多里斯(加州大学圣地亚哥分校)

近年来,耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)已成为公共健康的一大挑战,影响了80000口人,每年造成仅在美国1,1万人死亡。 MRSA的两个主要菌株已经确定,医院相关的耐甲氧西林秒。金黄色葡萄球菌(HA-MRSA)和社区相关的MRSA(CA-MRSA)。目前,CA-MRSA的毒性知之甚少。使用peptidomics方法,六种生物活性肽在CA-MRSA,其在HA-MRSA不存在进行鉴定。这些肽刺激鲁棒初级免疫细胞,引起血细胞的裂解。因为CA-MRSA通常引起皮肤和软组织感染,本研究将测试对免疫细胞和皮肤细胞的6种肽的效应。初步研究表明,这些肽导致细胞死亡。进一步的研究将通过质谱法和显微鉴别细胞死亡的过程。该项目将提供CA-MRSA肽如何破坏哺乳动物组织中有了新的认识,并会导致对MRSA感染的治疗干预的新途径,药物的发展。
澳门皇冠科研基金:资金提供

在罕见的数字崖海鸦:崖海鸦中兴对布氏的鸬鹚筑巢行为的影响

LEO埃斯特拉达'16;导师:龚如心的Karnovsky;合作者:ramoncito caleon '15,妮可mcduffie '15

这个项目的目的是为了更好地了解不同物种对瓜拉拉点岛上繁殖习性(GPI),一个重要的繁殖地在海上牧场海洋海鸟,索诺玛县,加利福尼亚州。加州沿海国家纪念碑的领导工作小组已经使用公民科学从两个陆基有利位置,为过去八年在夏季繁殖季节大约每两到三个星期拍摄航拍收集在这个岛上数据,监测每个季节个别巢,小鸡,和西美鸥,海鸬鹚,勃兰特的鸬鹚,鸽雀,黑蛎的种类数。这过去的十年内,在崖海鸦存在死灰复燃 - 一旦原产于该地区,但受人为干扰减少,如漏油早期years-提出来已经在他们的缺席形成的筑巢海鸟的生态系统的一个新的挑战。我们推测,在GPI崖海鸦的丰度与丰富布氏鸬鹚​​,并预测这将导致嵌套布氏鸬鹚的减少越来越多的崖海鸦的因素嵌套壁龛竞争空间。利用GPI的航拍过的几年中辨别巢的数量和位置 - 那么我们在崖海鸦到来之前和之后比较布氏鸬鹚窝数量和密度巢测试我们的假设。
通过提供资金:玫瑰小山(caleon),霍华德休斯医学研究所(mcduffie,埃斯特拉达)

在真核生物,细菌和古细菌queuosine核苷的tRNA修改计算调查

沙迪亚citturi '18;导师:安德烈·卡瓦尔康蒂;合作者:扎卡里·威尔逊'17

密码子使用偏倚指同义密码子不与相同的频率中使用的观察。一个主要的假说来解释这一现象断定,密码子使用将用于翻译效率进行优化,因此tRNA的丰度应该是密码子使用偏好的预测。研究普遍发现的tRNA的丰度的相关性及密码子使用约0.6。进一步,域特定的tRNA的修改纳入这些模型导致较高的相关性(诺沃亚等人,2012)。我们研究的修改出现在生活中的三个领域的Q-tRNA的构建与线性模型更好地预测密码子使用的希望。所述q修改适用于氨基酸天冬氨酸,天冬酰胺,组氨酸和酪氨酸。它涉及一个鸟嘌呤的修饰在第三tRNA的反密码子的位置queuosine。 queuosine具有用于尿嘧啶比它为胞嘧啶更大的亲和力 - 从而从正常Watson-Crick碱基配对偏离。我们创建Python脚本来研究密码子使用和基因组的GC含量和使用的一个开源项目,trnascan,以确定每个基因组的tRNA的编码基因的数量。 /我们的初步研究表明,氨基酸同源到含有Q-变形例的tRNA的具有更高频率的密码子ü相对使用于氨基酸不具有修饰氨基酸。这是与我们的预测相一致。进一步的分析必须为验证的目的来进行。
供资提供:霍华德休斯医学研究所(chitturi),贝克曼(威尔逊)

脏水:什么在它的蜜蜂?

萨尔瓦多达达里奥'18;导师:菲利普·斯塔克斯(塔夫茨大学);合作者:雷切尔BONOAN(塔夫茨大学)

消失蜂蜜蜂群的农业危机是惊人的 - 管理蜜蜂菌落数在六十年内减少了一半。尽管蜜蜂的授粉很重要,很少有知道关于他们的矿物质的需求。蜜蜂常常观察到在脏水源觅食,即使使用本清洁的水源。这是什么脏水觅食的营养价值?我们为了确定水溶性矿物,蜜蜂喜欢进行在字段优先级测定。我们也试图探索这些矿物的偏好会如何跨越季节的变化。我们发现在夏季和秋季,蜂蜜的蜜蜂优选钠和表现出偏好的钙,钾和镁在秋天,但不是夏天。花粉中含有的最高金额(1)这三种营养素,我们认为这个变化是由于可用花卉资源。在夏季,更花可用;因此,蜜蜂是不会显示这些三大营养素的偏好。从这些发现中,我们了解到,蜜蜂觅食选择性矿物质,这表明他们有一个最佳的饮食。这种新的知识,养蜂人可以开发更精确,更便宜的食疗补品,这将提高蜂箱健康 - 具体而言,单作完的荨麻疹。 (1)赫伯特,E.W.,米勒-ihli,N.J。 1986年七种矿物质蜜蜂季节变化采集花粉。上午。蜜蜂学家127:367-369
供资提供:美国国家科学基金会(塔夫茨大学)

因素低海拔生境类型南加州的驾驶早期分解过程

麦迪逊dipman;导师:华莱士迈耶

加州圣人灌木丛(CSS)的非天然草地的类型转换发生巨大的改变在加利福尼亚州南部的低海拔地区的景观。因为类型转换改变许多功能属性,有必要以评估这些生态系统功能如何以下景观变换。垫料分解是一个关键的生态系统的过程,释放碳到大气中,在可用于呼吸形式提供营养。广义地说,凋落物的分解是由与垫料质量,气候和立地质量因素的影响。在这个实验中,我们操纵垫料质量(C:N),UV辐射,并在CSS和非天然草地的栖息地无脊椎动物访问提供用于理解在LA盆驱动早分解过程的因素提供了一个框架。垃圾类型,UV,和栖息地都显著影响分解的速度;然而,UV发挥最大的作用,其相对贡献依赖于生境类型。分解的主驾驶员随季节而变化,提示衰减的简单模型缺乏时间分量未能考虑对分解过程景观变化的附加效果。总体而言,分解在非天然草场,这支持了以前的研究这种类型的转换草原存储更少的C在稳定库比天然CSS和矛盾,从仅限于草入侵的CSS系统的研究工作显著加快。
霍华德休斯医学研究所:资金提供

撞倒GDI果蝇

金牛座棕色'18;导师:克拉丽莎切尼

GDP解离抑制剂(GDI)是在黑腹果蝇,以及其他生物体中发现的蛋白质,这已被发现是在细胞中的囊泡运输的一个组成部分,由于其在G蛋白家族的RAB(图1)的控制。为了测试此机构,用于小泡转运我们试图击倒GDI在果蝇的眼睛中的颜料颗粒,这本质上是改性囊泡(图2)。通过消除眼睛GDI应该有色素沉着可见的损失。 /我们能够通过操纵GAL4 / UAS系统和GDI /转基因的RNAi击倒GDI。三眼驱动器9146,8605和1104与RNAi的57502,随后这些杂交的后代进行评分进行杂交。交叉盘的研究得出的眼睛没有明显的色素变化。作为这样的结果,我们试图测试眼睛司机的有效性,我们使用由分别与36328- tomatorfp和4414肌动蛋白加仑4驱动器对着干的RNA干扰。这些杂交的结果表明,所有的驱动程序,以及RNA干扰的具有功能,但是RNA干扰可能不是那么强。在Western印迹上用抗GDI抗体GDI中存在的肌动蛋白4414加仑4量探测; RNA干扰显示在本GDI也表明该特定RNAi是弱的量等于或可忽略的降低。
通过提供资金:波莫纳不受限制

的完整叶绿体的内源性酚含量测量

艾琳雄'16;导师:戴维·贝克尔

酚类,一类由直接键合在芳香族烃的一个或多个羟基基团的有机化合物,是最丰富的次级植物代谢物。这样的化合物包括大麻素,辣椒素,和水杨酸。我们感兴趣的是酚类化合物的作为备用的电子供体到光系统I(PSI)中,当光系统II(PSII),电子的正常源,由于热应力,我们已经证明发生过程抑制的能力体外。由于光合电子传递链定位于叶绿体中,我们使用一个最近,快速的方法来隔离从菠菜叶,我们通过两个独立的分光光度测定法内源性酚含量测定完整叶绿体。既福林 - 乔卡梯奥(FC)和普鲁士蓝(PB)测定法基于电子从酚醛塑料转移到比色试剂,并且容易受到其他氧化基材的干涉尤其抗坏血酸盐,这是在叶绿体丰富。使用标准添加法,我们能够纠正抗坏血酸等干扰。我们确定的2.85±0.17•摩尔/摩尔•叶绿素在菠菜叶绿体经由两种测定的净酚含量。接下来,我们将在隔离LARREA叶绿体这些测量以评估它们是否含有足够的内源性的酚类物质支持显著大量电子捐赠为psi,因为我们假设。
斯特勒:资金提供

在索尔顿湖泥火山的微生物群落分析(CA)

marlie谢尔顿'16;导师:EJ起重机,安德烈·卡瓦尔康蒂;

位于加利福尼亚州的圣安地列斯裂谷是索尔顿湖,它经历了高度既地质和热力活动的环境。在这个环境中一个有趣的现象是泥火山,这是缺氧和极热的潺潺通风口是借给自己嗜极微生物的活性。存在于这些泥火山微生物的理解是在确定它们的硫减少的机制和生物地球化学循环其更大的作用的第一步。在的16S rRNA区域高度保守的基因靶向在这项研究中,通过两个克隆文库的生产和下一代测序,以提供一目录存在的微生物物种。
通过提供资金:弗莱彻·琼斯

鸟巢的位置是成功的两个物种筑巢的海鸟预测

杰弗里·艾伦'17;导师:龚如心的Karnovsky

瓜拉拉点岛(GPI)是一个小的离岸岛屿海洋牧场的海岸,索诺玛县,加利福尼亚那里因为从澳门皇冠2007年在2014年和2015年学生学习布氏鸬鹚筑巢成功海鸟进行了研究(鸬鹚长毛)和西美鸥(鸥望江南)在岛上筑巢。 。我研究的目的是更好地了解影响巢的成功和失败,这些海鸟的因素。特别是我感兴趣的巢穴位置如何影响繁殖成功,过去在巢址的成功尤其是否预示着未来的成功。我预测,之前的成功可以预测未来的成功,这是在2014年支持成功的巢区将支持成功巢在2015年检验这一假设,我提出通过观测镜养殖上GPI布氏鸬鹚几乎每天观察和西美鸥。我记录巢位置和产卵的数量,以及阴影和雏鸟的数量成熟的。我用高品质的照片来比较这些数据在2014年收集的,本赛季有九个新的布氏与那些没有自己的幼鸟孵出之前的位置八鸬鹚筑巢地点。 /而鸟巢的网站是不影响生育的结果的唯一因素,这似乎是成功的重要指标。
福塞特:资金提供

在可变报酬资源授粉觅食

泰莎芬利'18;导师:马蒂纳唐纳森-matasci(HMC);合作者:克莱顿ziemke '18

传粉者的栖息地正在发生重大的变化环境的迅速变化的结果。生活史,觅食策略 - - 与不同性状授粉的不同装备在不断变化的社区的一部分。如何用一组特定的进化行为的生物响应变量的环境呢?在南加州,大多数本地授粉觅食的季节与寄主植物的开花周期同步,但蜜蜂觅食整个夏天,这似乎赋予劣势。然而,它们的觅食策略,这是基于摇摆舞集群通信系统,在这个意义上,它使他们能够快速定位,调动好资源多才多艺。在与不同的奖励资源比较蜜蜂和本地授粉的觅食策略,我们观察每花授粉探视在选择“大”和“小”资源补丁衰老随着时间的推移绽放。以往的研究表明,相对于本地授粉,1)蜜蜂更能够充分利用有价值的资源,由于高效的集群通信,和2)蜜蜂能买得起的报酬降低资源“试探性”觅食风险分担殖民地之内,而天然授粉(多为单发,或者住在小团体)必须集中精力在一定奖励资源觅食。基于这些假设,我们预测,1)更多蜜蜂会参观花“大”比“小”补丁而本地授粉将同样互访,和2)蜜蜂会在衰老的资源更持久地觅食,除非他们的多才多艺觅食策略允许他们通过专注于最有价值的资源,以“试探性”觅食的区域高价回应。初步数据表明,蜜蜂也更频繁地在觅食大片,而本地授粉不显示偏好;和蜜蜂继续,而本地授粉退出这些资源,这表明“探索觅食”是区域不适应访问衰老的资源。
霍华德休斯医学研究所:资金提供

跨物种老化水螅和端粒长度的端粒酶活性

伊恩·托马斯'17;导师丹尼尔·马丁内斯

无性重现水润寻常可以在实验室环境中连续多年保持没有表现出衰老的迹象(马丁内斯1998年)。培养时在10℃下,然而,水螅oligactis成为性,并表现出生理恶化并最终死亡(Yoshida等人,2006)。端粒早已举行发挥衰老的作用和干细胞的维护。水螅端粒具有在脊椎动物(TTAGGG)中发现的相同的重复序列,封盖染色体末端,以及端粒酶,负责延长端粒的酶。了解水螅的端粒生物学可以帮助我们理解衰老和干细胞维持。 Tan等人。 (2012)揭示,在涡扁虫,再现(有性或无性)的类型介导的端粒酶的表达。进一步,Bertozzi教授(2015),其特征在于进行性诱导雌性小时端粒酶活性。 oligactis。该项目旨在为男性h的类似的状况。 oligactis,从而创造端粒酶活性的遍及水螅性诱导的过程的更全面的图。进一步,我们希望揭示端粒长度是否跨越水螅的种类而异。有人推测,男性中诱导第11天表现出端粒酶活性的增加,如已在雌性水螅示出。也有人推测,端粒的长度也不会水螅的种间显著变化。
霍华德休斯医学研究所:资金提供

火对脊椎动物物种的组合物在伯纳德场站的影响

艾丽卡nassirinia '17;导师:龚如心的Karnovsky,华莱士迈耶

这项研究的目的是审查在BFS烧毁,未燃尽区域之间的脊椎动物物种成分的差异。在2013年一把火烧掉了伯纳德场站的大约20%,提供了一个机会来研究火灾对脊椎动物物种的影响。我推测物种组成烧和未燃烧的区域之间不同。我预测,即倾向于开放地区的物种将在火烧迹地是比较常见的,和那些喜欢更草木茂密的地区会在未燃区是比较常见的。 i。由在未燃区设置11的运动感测相机,以在燃烧区域6和5测试了这个假说。我研究从二个月来自每个摄像机的图像,直到六月,并指出的类型和种类的数目“限制的”。我跑使用布雷柯蒂斯相似系数中,以检查是否物种组成烧和未燃烧的位点之间差异的anosim测试,和进行假笑分析,以确定哪些物种促进了组合物的差异。我发现,物种组成烧毁,未燃尽区显著差异。而woodrat,neotoma属,西丛鸦,丛鸦属夜蛾和加州打谷,toxosoma redivivum,只在未燃烧的网站上发现,北部闪烁,colaptes鲫鱼,和广大格卢鼠,dipodomys AGILIS的,烧伤被发现站点。结果可能受种偏爱无论草木茂密或空旷地方进行解释。
供资提供:梭罗基础和玫瑰山丘基础

2015年的厄尔尼诺对西部海鸥和海鸬鹚的筑巢和繁殖的影响

凯尔·詹森'17;导师:龚如心的Karnovsky;合作者:ramoncito caleon '15

这个项目的目的是在两年内繁殖习性和两个海鸟在海牧场,索诺玛县,加利福尼亚地区养殖的成功相比,哪一个(2015年)中有反常的海洋条件(厄尔尼诺现象)。海鸟得到他们所有的食物来自海洋,因此海洋中的变化非常敏感,他们的猎物的影响可用性。我们推测,厄尔尼诺对海鸟繁殖产生负面影响。我们预测,嵌套的时间将晚和提高雏鸡的成功,直到它们能够飞行将在厄尔尼诺年低。我们通过对鸟巢的条件收集数据十周检验这一假设,鸡蛋和雏鸡可见的数量,并通过这两年的单筒望远镜观察映射巢小鸡的发展阶段。一组在断路器海鸬鹚(鸬鹚pelagicus)的到达和一群西美鸥(鸥望江南)在瓜拉拉点岛是我们研究的重点。西美鸥幼鸟首次观察到采取两个2014年和2015年,海鸬鹚幼鸟在断路器中观察到7/25左右短途飞行到达,早在2014年6/2,但在2015年并没有发现,直到7/7。它很可能那时,海鸬鹚可能比西方海鸥2015反常的海洋状况更受,但进一步的分析将需要进行充分评估这些鸟类两年之间的嵌套成功和时机。
通过提供资金:舒尔茨(延森),玫瑰小山(caleon)

类型转换和郊区发展对南加州节肢动物群落的影响

萨瓦纳鸟'18;导师:华莱士·迈尔;合作者:大草原meadors '18

加州圣人灌木丛(CSS)是类型转换扬言非天然草地(NNG)濒危的生态系统类型,并侵占城市/郊区发展。估算表明,小于10%,从史前范围内仍然存在。研究景观修饰如何影响地面住宅节肢动物(GDA)的社区,我们在CSS(每个站点3个陷阱陷阱)40点(16点),NNG调查采用120个陷阱陷阱(被动收集地面住宅节肢动物)GDA社区( 8)和处及其附近伯纳德场站5个季节(春2013到弹簧2014)郊区栖息地(16)。在总共17902人,并从至少11个节肢动物订单279种进行了清查。 CSS,NNG,和郊区栖息显著彼此在节肢动物的组合物不同。 (31%87),CSS(51; 20%)和NNG(17; 6%)进一步支持了每个栖息地支持独特的动物郊区:许多物种仅在一个生境类型收集。而物种丰富度在郊区的栖息地是最高的,10个品种最丰富的50%,被称为非本地人。的栖息地NNG具有最低的物种丰富度和少数物种独特指示GDA多样性的以下类型转换的整体损失的栖息地(17)。正因为如此,我们的研究结果强调,预防型转换和保存CSS是支持本地节肢动物必不可少的,而在非郊区站点的条件可能会限制建立许多非本地人的。
通过提供资金:波莫纳无限制(鸟),梭罗基础和澳门皇冠研究基金(meadors)

anrkd2的胰岛素敏感性中的作用

NHUÿ杜安'18;导师:安吉丽娜Hernandez的-CARRETERO(加州大学圣地亚哥分校);合作者:娜塔丽韦伯(加州大学圣地亚哥分校)

肥胖是与人体对胰岛素的反应能力,也被称为胰岛素抵抗的减少相关的疾病。糖尿病患者或者是胰岛素不足或胰岛素抗性,导致它们具有受损的功能性过程,如肌肉的胰岛素刺激的葡萄糖摄取。为了进一步研究肌肉的胰岛素敏感性,我们已经使用RNA-SEQ地发现,在贫(LF)的条件发生变化的新基因,肥胖(HF),或先前已恢复胰岛素敏感性(SW)肥胖小鼠。我们发现锚蛋白重复结构域蛋白2(ankrd2)的表达降低HF组的肌肉组织中,并在SW组相反。它是假设,ankrd2有助于肌肉胰岛素敏感性和降低胰岛素刺激的葡萄糖摄取受损ankrd2结果。为此,ankrd2的siRNA介导的敲低被利用在对大鼠L6肌管细胞以剂量依赖性方式。此外,进行了放射性标记的葡萄糖摄取测定以测量在这些条件下的L6细胞的胰岛素敏感性。初步结果表明,ankrd2表达的约75%击倒1.5倍损害胰岛素刺激的葡萄糖摄取。这些数据表明,方法来提高ankrd2将提高肌肉对胰岛素的敏感性。总体而言,本研究将确定是否ankrd2是一种有用的治疗靶标,以增强肥胖和糖尿病个体的胰岛素敏感性。
加州大学圣地亚哥分校的研究机构和学术事业发展奖暑期大学生研究奖学金:提供资金

PLK-1的磷酸化对SPD-5​​ PCM组件的作用在C。线虫

德尔菲娜·冈萨雷斯'17;导师:萨拉奥尔森,克伦oegema(加州大学圣地亚哥分校),和斯泰西d。奥乔亚(加州大学圣地亚哥分校)

动物细胞有丝分裂期间需要中心体成核和锚微管(MT)。中心体包括一个中心粒对pericentriolar材料(PCM)的网络中的笼罩。一旦PCM成熟已经发生时,微管锚固到γ-TURC复杂适当主轴组件。几种蛋白质所需的PCM组件和成熟,包括SPD-5​​,支架蛋白,和polo样激酶(PLK-1),磷酰化蛋白质。先前的研究已显示在体​​外和体内的PCM SPD-5​​复合物的募集和装配率PLK-1助剂。这种机制然而,仍然知之甚少。因此,我们已经确定在SPD-5​​的潜在PLK1磷酸化位点,以了解如何PLK1有助于PCM组件变异。我们正在分析制备转基因蠕虫与这些突变的后果。撞倒使用RNAi内源性SPD-5​​基因之后,我们进行了胚胎致死性和单细胞胚胎荧光成像研究。初步的结果显示出增加的胚胎致死性,降低的SPD-5​​的荧光,并在这两个单点突变体和四点突变降低γ微管蛋白荧光。这些结果表明,磷酸化在这些网站对PCM组件和成熟的作用。这反过来又影响细胞周期动力学和整体胚胎生存能力。
加州大学圣地亚哥分校的研究机构和学术事业发展奖暑期大学生研究奖学金:提供资金

 

在果蝇眼睛的颜色突变的研究

比安卡·罗德里格斯'17;导师:克拉丽莎切尼;

霍华德休斯医学研究所:资金提供

什么是对贼鸥船尾瓢?年龄和南极电灯鱼和pleurogramma antarcticum的大小由乔治王岛上灰贼鸥消耗

米兰达·斯塔尔'15;导师:龚如心的Karnovsky;合作者:乔尔llopiz(Woods Hole海洋研究所)

The purpose of this study was to determine the ages and sizes of fish consumed by South Polar skuas (Catharacta maccormicki) breeding on King George Island on the Antarctic Peninsula. By analysing guano samples collected over 7 breeding seasons, I was able to determine that two fish species dominated their diets (>95% of all fish consumed): Electrona antarctica and Pleurogramma antarcticum. I hypothesized that there is a positive relationship between the size of the otolith and the size and age of the fish. To test this hypothesis, I measured and aged otoliths from high-resolution photographs taken after several weeks in immersion oil. Preliminary results indicate that otolith size is predictive of both size and age of fish. Furthermore, our findings suggest that specific cohorts of fish can be detected in skua diets. These data will be used to identify and track cohorts in seabird diets to link ice conditions and cohort success, and ultimately to present a mechanism through which the reproductive success of these birds is impacted by climate change.
舒尔茨:资金提供

消防和类型转换的南加州脊椎动物组成的影响

大草原meadors '18;导师:华莱士·迈尔;合作者:萨瓦纳鸟'18

加利福尼亚鼠尾草擦洗(CSS)是濒危生态型,由CSS的类型转换到非天然草地(NNG),这是通过增加点火频率容易受到威胁。一旦非原生草被建立,它们促进更频繁的火灾延续草主导地位的一个周期。了解如何社区脊椎动物组合物通过这些干扰在伯纳德场站的影响,运动激活的相机被用来追踪在CSS,NNG脊椎动物活性和燃烧的栖息地。我们总共15台设置在T职位朝下摄像机中使用的,5个相机在每个栖息地类型。照片收集每月一周。五个多月(2月 - 6月),21脊椎动物类群,5哺乳动物,爬行动物5和11的鸟,被清查。通过anosim分析,我们还发现,CSS,NNG,烧毁的栖息地在脊椎动物组成显著差异。而种的29%所特有的CSS,NNG和烧毁的栖息地支持像侧面斑点蜥蜴,袋鼠大鼠,并在更丰富比CSS鞭尾蜥蜴物种。由此看来,我们确定CSS是本地物种生存至关重要,但NNG和烧毁的栖息地也可以支持一些乡土树种作为补充的CSS。结合起来,我们的研究结果强调,火灾是生态系统的自然组成部分,并维持物种的多样性是至关重要的。但是,如果火灾变得过于频繁,促进css来NNG的类型转换,应该预计本地多样性的丧失。
通过提供资金:波莫纳无限制(鸟),梭罗基础和澳门皇冠研究基金(meadors)

2014年夏天学生的研究在生物学

在表型纤毛虫各式各样的计算机模拟

约翰布莱恩(2016);导师(S):安德烈·卡瓦尔康蒂

抽象:纤毛虫是单细胞真核生物,其特征在于纤毛和异形核的存在。营养生长期间,体细胞巨核(MAC)amitotically划分。这个过程中随机分配的DNA,以两个子细胞中,无论是子细胞接收不到染色体,甚至生存的必要基因的正确数量创造潜力。当因为它们是从一个纤毛虫人口的苹果电脑通过无性分裂的连续世代消除等位基因表型沉默品种可以通过这个过程发生。使用python计算机模拟,我们正在研究,它需要对发生表型品种的时间。我们正在探索不同的种群大小,基因拷贝数,并在此过程中的健身费用的影响。如预期,较高的健身费用导致更短的时间来分类。同样是更高的拷贝数如此。另外,我们已经进行比较时总基因拷贝数保持恒定或使其波动在品种倍的差异。这种比较已经表明,两种情况下的表现几乎相同的筹集时间方面,他们通过参数的影响方式的变化,我们已经考察。我们正在探索各种各样的表型在多个染色体都存在。我们预计,随着更多的染色体都存在于基因组中,选择的权力将被削弱。我们目前正在实施过程莫兰到模拟,这将有望解决了高染色体数目明显过去的问题。
霍华德休斯医学研究所:资金提供

自动化的使用时间深度录像机(TDRS)和Python编程卡森的小海雀潜水模式的分析

尼科尔mcduffie(2015);导师(S):安德烈卡瓦尔康蒂;尼娜的Karnovsky

摘要:本研究的目的是调查使用TDRS和Python编程卡辛的小海雀(ptychoramphus aleuticus)的跳水行为。这些海鸟浮游动物接近其巢址饲料跳水的费拉隆岛西边的旧金山和是影响海洋环境的变化非常敏感。在同一时间举起一只小鸡,在小海雀创建自挖的洞穴,也将使用人造巢,方便客人进行研究。 TDRS或时间深入录像机被粘到成年人同时提高在巢箱多天的小鸡身上的羽毛。附时,鸟以及每0.5秒当鸟被水淹没的附加测量记录的时间TDRS,深度,温度,和压力,每5秒。使用python编码语言我组织5秒和0.5秒数据到潜水和divebout对象,都与计算出的多个属性允许潜水的进一步分析两者。一个这样的计算是百分比U形潜水是,表示潜水的目的。小海雀使更多的V形潜水寻找浮游动物的水下口袋,而更多的U形潜水是实际的持续喂养。计算俯冲形状,在下潜深度的最低25%的数据点的数量是通过数据点的潜水总数除以。这些数据将让我测试这些鸟海洋变异对我的毕业论文响应进一步的假设。
霍华德休斯医学研究所:资金提供

四方在果蝇RW等位基因的温度敏感性

塞缪尔陈(2016);导师(S):克拉丽莎切尼

通过提供资金:玫瑰山丘基础

在果蝇menalogaster揭开红

比安卡罗德里格斯(2017);导师(S):克拉丽莎切尼

抽象:红色马氏管(红色)在黑腹果蝇的基因是常用的一种表型标记,因为它是在幼虫可见的表型少之一。其表型包括在幼虫红色马氏管和红色的棕色眼睛的成蝇。红色超过四百公开可用的飞股票发现,尽管它的功能和基因组位置是未知的。在果蝇眼睛的各种颜色的变化归因于突变参与囊泡转运基因。这是可能的,红色也能在囊泡运输有关。红色的位置是通过删除映射缩小,和三个潜在的相应的基因进行鉴定:aftiphilin(AFTI),参与AP-1复合适配器结合和蛋白转运蛋白活性; cg12207,其功能是未知的;和cg3259,这是参与微管结合。我们测序野生型和RED1背景这些基因来看看导致平移的变化和潜在的蛋白质改变任何点突变。在RED1 AFTI基因观察到两个错义突变,但这些点突变位于基因的保守性差的区域,可能仅仅是多态性。在突变基因cg12207,非保守错义突变是一个高度保守的区域内找到。没有测序结果已获得cg3259。而目前的测序结果指向cg12207作为红色基因,搜索将通过测序在RED2突变体的这些基因,以及进行与各基因的RNAi的缺失的一系列杂交的继续。
霍华德休斯医学研究所:资金提供

在果蝇血细胞GDI突变的影响

维安扎达(2016);导师(S):克拉丽莎切尼

通过提供资金:玫瑰山丘基础

表征和端粒酶的定位反向水螅oligactis酶(叔)

泰莎Bertozzi教授(2015);导师(S):丹尼尔·马丁内斯

通过提供资金:埃尔金基金

浸软免疫荧光定位在细胞核水螅γ-H2AX

梅德琳考恩(2016);附加合作者(S):安东尼bellantuono;导师(S):丹尼尔·马丁内斯

弗莱彻·琼斯的基础:资金提供

系统发育亲和力 水螅:分子分析

阿龙iñiguez(2015);附加合作者(S):理查德·坎贝尔(加州大学欧文分校);导师(S):丹尼尔·马丁内斯

肯尼斯·T:提供资金。与艾琳湖诺里斯基础

从闪烁古生球菌的NADH依赖性多硫化物还原酶(NPSR)的还原半反应的停流动力学研究

武义浩立(2017);导师(S):EJ起重机

抽象:archaeglobus生球菌是一种厌氧古细菌,其代谢硫酸盐和硫代硫酸盐在超高温environments.the NADH-依赖性聚硫还原酶从闪烁古生球菌属于一组催化NAD的酶(P)H依赖性降低的硫,聚和二硫化物,氧气和过氧化。从这个实验室先前的稳态动力学研究揭示了每个微不足道聚硫还原活性与这种酶。从而在闪烁古生球菌NPSR的实际生理作用尚不清楚。我们已经表征的酶与NADH的还原半反应/ NADD使用停流光谱学。在NADH / NADD和酶之间的一第二反应中,我们观察到分别至少三个步骤:用约300,100的速率常数,和每秒10。这些常量不显示变化的变化趋势基本一致,当底物浓度增加。在其他NPSR同源物以前的研究表明前两个步骤是结合和核苷酸底物与酶的活性位点的内化,而最后一步是氢化物的从基板的活性位点半胱氨酸之间转移到混合二硫化物残基和紧密结合的辅酶。一个明显的同位素效应(KH / KD周围3)在第三步骤中,这表明它是氢化物转移步骤中观察。但需要更多的数据来得出结论前两个步骤。此外,我们发现在1秒的时间间隔,其速率常数为接近,它是在一些运行掩蔽的第三步骤结束时存在的另一个慢步骤。
澳门皇冠SURP:提供资金

在美国中西部的湖泊紫硫细菌的系统发育

marlie谢尔顿(2016);导师(S):EJ起重机

摘要:光合细菌是生态系统的重要成员。他们也像植物,可产生主要碳源的是一个完整的小气候取决于。一个特别有趣的光合微生物的类型被称为紫色硫细菌(PSB)。以及提供碳源的小气候,它们也起到硫循环中起重要作用。它正是如此重要的是要知道哪些公共广播组织的物质存在,它们是如何相互关联的。使用高度保守的基因,16S核糖体RNA,这些关键细菌的系统发育可以推断。
弗莱彻·琼斯的基础:资金提供

在eriastrum sapphirinum的授粉组合的空间和时间变化

玛利亚佩蒂斯(2017);学生合作者(S):艾丹奥利(2016);导师(S):弗朗西斯半泽

摘要:为了了解植物授粉的相互作用,重要的是要确定厂参观在现场,或授粉组合授粉的组成。授粉组合可以在专门的传粉授粉中发挥关键作用的地区尤其是透露重要信息。这些授粉往往更受可能甚至消除授粉群体时可行的植物仍然留在栖息地生境退化。在这项研究中,我们研究了野花eriastrum sapphirinum的授粉组合处跨越时间和空间的伯纳德场站(BFS)各种网站。我们发现,网站显示在不同的地点和时间与周之间的授粉组合的差异,以及站点之间的距离是不相似的在他们的授粉组合的预测。我们的研究结果表明,在BFS的补丁的退化可能即使BFSË消除专家授粉群体。 sapphirinum人口并没有消除。
通过提供资金:谢尔曼仙童基础(MP);舒尔茨基金环境研究(AO)

在sceloporus望江南形态变异:沿着城市化光谱的比较。

玛利亚Caruso的(2017);学生合作者(S):乔纳森Feingold的(2015),brenna gormally(2015);另外合作者(S):劳伦议员(W.M.凯克理科);导师(S):克里斯汀·凯泽

抽象:形态变异是进化生物学的中心焦点。许多研究着眼于环境如何小生境,影响形态演变,但城市化对蜥蜴的影响仍然充分研究。我们的目的是评估栖息地变化的影响,由于对蜥蜴形态的城市化。西部围栏蜥蜴(sceloporus望江南)标本取自自然史博物馆,占整个洛杉矶盆地六个不同地区洛杉矶县获得。这些标本在1950年和1960年的城市化水平的变化,从收集的区域。我们使用主成分分析(PCA),以6个种群之间比较头部,身体,四肢,以及脚趾测量。我们发现,在形态上显著差异两性之间,网站,以及年中。我们发现在保护区采集的比那些在城市地区大蜥蜴是大势所趋。几年之间比较发现,1950年的蜥蜴比那些从1960年的大。没有发现性别,部位和年间的相互作用显著,这有可能通过小样本进行解释。我们计划研究如何城市化多年来一直在同一地区采取当今措施影响这些人群。
通过提供资金:舒尔茨基金环境研究(MC);霍华德休斯医学研究所(JF);谢尔曼faircild基金会(BG)

不捕食者悖论影响城市蜥蜴?

乔纳森Feingold的(2015);导师(S):克里斯汀·凯泽

摘要:城市化进程的速度越来越快出现在世界范围内,改变了生活和周围人的发展的野生动物群落。捕食者 - 猎物相互作用改变在城市环境中,如以前的研究已经表明,捕食性天敌种群趋于扩大在城市,而猎物一般体验下捕食率。这个悖论捕食者已经很好地研究了鸣禽和一些哺乳动物物种,但尚未探索城市蜥蜴。在这项研究中,我们的目标是衡量居住在洛杉矶盆地的城市梯度蜥蜴经历相对捕食压力。我们使用相机陷阱监控粘土蜥蜴模型,以衡量捕食者的存在和在不发达的栖息地,栖息地片段,和城市矩阵的攻击。没有攻击迄今为止记录。这项研究将提供面临不同程度的人类发展的蜥蜴种群经历了选择压力的更好的图片。
霍华德休斯医学研究所:资金提供

皮质酮酶免疫测定法确认为sceloporus望江南

brenna gormally(2015);学生合作者(S):玛丽亚Caruso的(2017),乔纳森(2015);另外合作者(S):劳伦议员(凯克理科);导师(S):克里斯汀·凯泽

抽象:类固醇激素皮质酮(CORT)从肾上腺皮质释放响应于应激物作为通过下丘脑 - 垂体 - 肾上腺(HPA)轴分泌信号级联的结果。它是在爬行类,鸟类,两栖类和啮齿类动物的主要糖皮质激素,皮质醇,而在人体中主要的糖皮质激素。量化CORT浓度的一种方式是通过使用酶免疫测定(EIA)试剂盒的。大多数套件最初验证在啮齿动物和人类使用,因此必须首先被证明是准确的前进一步使用其他物种。在这项研究中,开曼化工(密歇根州安阿伯)CORT环评进行了验证,为西部围栏蜥蜴(sceloporus望江南)。血浆样品从在伯纳德场站(克莱尔蒙特,CA)和两个验证测定男性和女性蜥蜴取已经完成。的平行度测定法测定的是,血浆库的稀释液落在趋势线平行于标准曲线(f3,10 = 0.57,P = 0.65)。精度测定确定加入样品CORT已知浓度可从测定来成功地恢复。因为两者的并行性和准确性试验是有效的,开曼化学皮质醇EIA现在验证涉及未来的研究。望江南。
通过提供资金:谢尔曼飞兆半导体基金会(BG);霍华德休斯医学研究所(JF);舒尔茨基金环境研究(MC)

在乳腺癌细胞上的蛋白酶活性和亲转移性行为长期阿司匹林曝光的效果

泰勒佛特森(2016);导师(S):梅利莎petreaca

摘要:医生往往建议高危患者每日服用剂量的阿司匹林,抗炎药,以预防心脏发作,关节炎等并发症。然而,近年来,阿司匹林用户这个庞大的人口已经帮助研究人员确定定期服用阿司匹林的关系,降低结肠癌,前列腺癌的风险,乳腺癌转移[1]。我们的初步研究(2013)表明,在体外,阿司匹林治疗显著抑制高度转移性乳腺癌细胞系的迁移,MDA-MB-231。此乳腺癌细胞系依赖于基质金属蛋白酶活性,并且特别是明胶酶的“MMP-9”,以降解细胞外基质并侵入到周围组织中[2]。这项研究调查了在我们的初步研究发现,通过检查乳腺癌细胞的MMP-9活性和阿司匹林的情况下坚持能力阿司匹林治疗的效果的潜在机制。我们的条件下,阿司匹林治疗没有显著抑制MMP-9活性或粘连,可在体外已增加而不是细胞死亡。
通过提供资金:玫瑰山丘基础

tnsf14(光)改变嗜中性粒细胞凋亡的速率

文斯摩根(2015);导师(S):梅利莎petreaca

抽象:嗜中性粒细胞是白细胞,或白血细胞,它们负责用于在发炎区域的细菌并除去细胞碎片的体内杀伤。在发炎区域到达后不久,嗜中性粒细胞进行细胞凋亡,被认为是抗炎一种程序性细胞死亡,因为它消除了嗜中性粒细胞的炎症,同时防止细胞内容物释放到周围区域中。在这项研究中,我们调查的光(tnsf14)的作用,被称为诱导凋亡在一些癌细胞和巨噬细胞的蛋白,对中性粒细胞的细胞凋亡。我们检查了在来自C57BL / 6野生型和光分离嗜中性粒细胞的光对细胞存活和凋亡的影响 - / - 小鼠,以及人HL-60细胞分化为作为嗜中性粒细胞。在数据初始的趋势表明,光可导致的增加和细胞存活,降低这取决于总的光的浓度。
通过提供资金:埃尔金基金

光会改变净形成和嗜中性粒细胞的MPO释放

菲利普树林(2015);导师(S):梅利莎petreaca

抽象:嗜中性粒细胞是一种类型的炎性细胞专门从组织中去除潜在有害的细菌的。刺激通过某些细胞因子和小分子可激活嗜中性粒细胞,这可导致从颗粒抗微生物分子的释放和中性粒细胞的胞外陷阱(网)的形成。这些网,其由挤压染色质的,可以在局部高浓度的嗜中性粒细胞衍生的抗微生物化合物的环境陷阱细菌。光(TNFSF14)是其可以是在嗜中性粒细胞介导的细菌清除重要的是,在一些光发现伤口感染的严重性增加所建议的蛋白 - / - 小鼠与野生型小鼠比较。检查光在嗜中性粒细胞功能中的作用,我们评价颗粒成分,髓过氧化物酶(MPO)的嗜中性粒细胞释放,并且净形成在人嗜中性粒细胞样HL-60细胞,并且还比较在来自C57BL / 6野生衍生嗜中性粒细胞这些过程型和光 - / - 小鼠。初步结果表明,光可以促进中性粒细胞净形成和MPO的释放,这表明在中性粒细胞介导的细菌杀死的光可能发挥的作用。
霍华德休斯医学研究所:资金提供

你滋生越多,你喂:海鸬鹚之间离合器的尺寸和配置的后代

ramoncito caleon(2015);学生合作者(S):柔旺(2014),杰米卡内帕(2014);导师(S):尼娜的Karnovsky

摘要:本研究的目的是调查影响的觅食行为和海鸬鹚之间后代配置(鸬鹚pelagicus)沿索诺玛县的海岸线的悬崖筑巢的因素。作为指示物种,海鸟反映海洋生态系统内发生的变化,虽然海鸬鹚广泛分布于北太平洋,有关于他们的觅食和生殖行为的信息很少。我们测试的假设,即觅食之旅持续下降,摄食率与小鸡大小,而不是潮水高度离合器尺寸增加。我们观察到筑巢,用双筒望远镜和记录成年出发和到达时间,以及进料速度和高度潮鸬鹚。我们发现,更多的小鸡喂养成人的年轻人以更高的速率,因此,家长保持人均吃奶的力气离合器尺寸增加。另外,觅食行程持续时间与小鸡尺寸减小和不存在与潮高度没有关系。这些结果在缺乏的假设,即基于对年轻的数量,他们可以成功地养活alticial鸟家长调整离合器大小扩展。该研究正在进行;我们希望重复在未来几年的研究,以确定供应行为如何与繁殖成功和海洋条件。
供资提供:霍华德休斯医学研究所(SW);玫瑰山丘基金会(RC)

崖海鸦人口流动和布氏鸬鹚繁殖行为之间的相互作用

柔旺(2014);导师(S):尼娜的Karnovsky

摘要:瓜拉拉点岛(GPI)历来主机繁殖海鸟的几个物种在暑假期间,包括西美鸥(鸥悬铃木),布氏鸬鹚(鸬鹚长毛),鸽雀(cepphus鸽),黑蛎鹬(haematopus bachmani)和海鸬鹚(鸬鹚pelagicus)。然而,在过去的几年里,崖海鸦(城乡结合部aalge)的新的人口已经开始滋生顶上GPI,内和周围的布氏鸬鹚筑巢区。通过使用航拍图像和每周的人口记录,我们能够确定是否有滋生murres和变化的布氏鸬鹚人口规模,密度和分布窝的到来之间的相关性。这一点,再加上在繁殖地,北,南崖海鸦人口规模变化数据,可以让我们看到海鸦运动和迁移的模式如何与鸬鹚繁殖行为和成功交互。
霍华德休斯医学研究所:资金提供

调查在C烫发-2和烫发-4的作用。线虫蛋壳总成

海伦羊肉(2015);导师(S):萨拉·奥尔森

澳门皇冠SURP:提供资金

年。假ascarylose生物合成蛋白的表达

埃斯特拉桑切斯(2017);学生合作者(S):莉莉安娜·莫拉(2017年);导师(S):萨拉·奥尔森

供资提供:谢尔曼飞兆半导体基金会(ES)

检查,在美国加利福尼亚州南部的影响凋落物分解的速率在本地和非本地生境类型的因素

麦迪逊dipman(2015);导师(S):华莱士迈耶

抽象:垃圾分解是一个关键的过程,通过该碳被释放到大气中和其他营养物在允许植物和微生物生产的形式释放出来。以更好地理解驱动落叶分解在半干旱,低仰角的生境类型的南加州因子(生物和非生物)中,i设计了一个2×2×2阶乘实验:(1)二垫料的类型,高或低质量,分别由金色醋栗叶和非原生草,表示; (2)二无脊椎动物的治疗,包括或从盒不包括大型无脊椎动物;和(3)两个UV处理,允许或阻止大多数UV辐射。今年夏天,我通过构建,并在该会在不同季节年内收集的伯纳德场站安装在草原和沿海圣人灌木丛网站768个垃圾箱设置了我长达一年的实验。最终,实验的目的是为在美国加利福尼亚州南部,这是决定生态系统对气候变化和景观转换如何应对批判性的理解分解过程提供了一个有组织的框架。
谢尔曼飞兆半导体的基础:资金提供

保护意义:在洛杉矶县沿海圣人灌木丛,非天然草地和郊区的栖息地蚂蚁群落比较

韦斯顿staubus(2014);导师(S):华莱士迈耶

摘要:沿海圣人灌木丛(CSS)已经从它的历史范围的85%以上,并消除非天然草地和郊区的栖息地更换。 CSS片段也受到阿根廷蚂蚁(linepithema humile),其竞争性排斥在那里它们建立了当地的蚂蚁入侵。在这项研究中,我和周围在克莱尔蒙特的罗伯特·J·伯纳德生物场站(BFS),加利福尼亚州的CSS片段调查了蚂蚁社区。除了CSS中,BFS包含不同的非天然草地栖息地。这些栖息地彼此和周围郊区矩阵的近距离呈现了难得的机会,检查每个栖息地的蚂蚁群落之间的差异,同时限制混杂变量如驱赶或气候变化。我用陷阱陷阱调查蚂蚁和比较在每个生境类型的丰富性和蚂蚁群落的组合物。我还比较在BFS以前在圣地亚哥调查CSS片断的蚂蚁群落。我发现蚂蚁丰富性和组合物的所有三个栖息地类型中显著变化,并且,相对于在圣地亚哥片段BFS支持独特的和不寻常的多样蚂蚁社区。在BFS似乎阿根廷蚂蚁比沿海碎片侵袭的影响较小。这表明,CSS和草原栖息地需要保护本地蚂蚁多样性和内陆CSS片断较高保护价值的,因为他们怀有单位面积更多本地蚂蚁。
霍华德休斯医学研究所:资金提供

使用MutS的和COI条形码标记基因octocoral物种的系统分类

啊妍(爱丽丝)钟(2017年);学生合作者(S):宁拉阿訇(2017年SC);导师(S):凯瑟琳·麦克法登(HMC)

摘要:目前,仍然有在我们目前的珊瑚礁生物多样性的知识空白。在八放珊瑚的多样性,也被称为软珊瑚,还有待充分,因为在试图区分物种中出现的困难的理解。遗传“条形码标记”是这样的基因普遍到,可以作为识别并通过DNA测序区分物种的一个更可靠的方法的所有生物体。在这个项目中,我们测序的基因MutS的和COI从马达加斯加和东沙环礁,台湾八放珊瑚。 DNA从这些样品珊瑚萃取,然后将MutS的并且使用聚合酶链反应COI基因进行扩增和测序。序列进行比较,以引用的已知物种的数据库,以从马达加斯加和东沙识别标本。
供资提供:霍华德休斯医学研究所(AC)

在新罕布什尔州的怀特山脉gyrinophilus porphyriticus的扩散和归巢的行为在两个淡水捕食制度

Jessica Hernandez的(2015);附加合作者(S):布莱特亚的斯(蒙大拿大学);导师(S):乔恩达文波特(东南密苏里州立大学)

摘要:这个项目的目标是更好地理解在北方的春天蝾螈,gyrinophilus porphyriticus的分散和归巢的行为行为特征的影响。更具体地,我们试图确定是否1)克。 porphyriticus表现出归巢的10-m的位移后发作行为,2)如果g的行为综合征确定。 porphyriticus影响归巢行为,以及3)推断,如果水生栖影响行为综合征和/或G的能力。 porphyriticus回家。作为欧洲区域办事处的学生,我不得不研究在哈伯德蝾螈容忍长期生态研究(滤波器)网站在新罕布什尔州的怀特山脉的令人难以置信的机会。我的导师包括教授乔恩·达文波特,教授南联洛和博士生布雷特亚的斯亚贝巴。这REU位置成为可能由于普利茅斯州立大学,哈伯德布鲁克研究基金会(hbrf),美国林务局和哈伯德布鲁克生态系统研究的科学家的惊人社区。
供资提供:美国国家科学基金会(蒙大拿大学)

蜥蜴功能生物学:垂直运行和鸡蛋吸水

安德烈omonte(2015);学生合作者(S):玛歌hujoel(2016 HMC),莱恩琼斯(2016 HMC);导师(S):斯蒂芬·阿道夫(HMC)

摘要:西部围栏蜥蜴(sceloporus望江南):我们实验室小组物种蜥蜴原产于克莱蒙特,CA的进行了研究。我们跑了同时进行的项目,其中第一项涉及sceloporus望江南鸡蛋,当他们在土壤铺设所表现出的显著吸水。为了获得小型蜥蜴蛋,我们做了两趟进入该领域;两个行程,我们走到鲍尔迪我们在寻找妊娠女性的上调对熊峡谷小径。妊娠女性被抓获,并在这里我们把他们安置在沙子填充罐,直到他们准备产卵带到实验室。沙是为了提供对鸡蛋一个合适的环境保持湿润和蜥蜴定期供给蟋蟀。一旦我们观察到本发明蛋在沙,我们收集它们并进行温育的过程。将蛋放置在加入水(80毫升蛭石100克),用铝箔覆盖,并置于环境室蛭石。然后我们把他们的质量,长度和直径的测量周报。我们的研究结果显示,水的吸收并在事实上发生的鸡蛋质量一倍,而长度和直径略有增加。同时,在我们的其他项目中,我们抓住了主要是男性围栏蜥蜴以及来自各地的哈维穆德学院区一对夫妇的非妊娠女性的蜥蜴。这些蜥蜴为研究围栏蜥蜴的垂直运行的行为进行了收集。我们构建了在实验室中的垂直的轨道,由来自一个贮木场获得的树卡车,然后将其安装在木制的
供资提供:霍华德休斯医学研究所(AO)

一个方法来识别与I型糖尿病儿童的生物标志物

汉娜罗伯逊(2015);另外合作者(S):吉姆koziol(斯克里普斯研究所);导师(S):乔安娜·戴维斯(圣地亚哥糖尿病研究所)

抽象:I型糖尿病(TID)是一种自身免疫性疾病,其特征胰岛素产生β细胞在胰腺的破坏。患者不太严重的疾病更好地应对免疫治疗。这个盲试研究中测试的多参数的能力流式细胞术鉴定新的生物标记物的细胞来预测疾病的严重程度。检验这一假设,从20名新诊断的TID儿童的血液样本进行比较,以从健康受试者的血液样本。蜂窝生物标记是基于先前的数据表示其在防止TID角色选定免疫T细胞亚群。进行了区分使用感兴趣子集八色流式细胞仪。每个细胞亚群的相对频率利用flojo,数据分析软件计算。锁定细胞生物标记数据后,研究是揭盲和每个病人的临床病史透露。临床病史包括疾病严重程度的金标准测量。使用回归和相关性的方法T细胞亚群和疾病的严重程度的测量值的相对频度之间的关联进行了分析。结果表明可用数据可以使用多参数流式细胞术样品的90%以上而得到。线性回归分析用于同一患者中测试T细胞亚群的相对频率的再现性随时间。该研究的结论是,流式细胞术可用于识别用于在TID疾病进展的细胞生物标记。
圣地亚哥糖尿病研究所:资金提供

刺痛反对田鼠巴贝斯虫先天免疫应答中的作用

珊桑切斯(2017);另外合作者(S):亨利wortis(塔夫茨大学),奥利维亚乌马尼亚(麻省大学医学院);导师(S):亨利wortis(塔夫茨大学),罗伯托·加尔萨·洛佩兹

摘要:田鼠巴贝斯虫是一种寄生虫haemoprotozoan导致整个美国巴贝斯虫病。各年龄组均可由寄生虫感染,但年轻个体保持无症状而那些年过半百可出现严重的症状。理解这种差异,有必要建立阻力机制。电阻T细胞依赖性获得性免疫的重要性已经建立;然而,先天免疫的作用仍是未知。最近,刺痛(干扰素基因的刺激剂)被确定为一个DNA传感器,用于抗恶性疟原虫的电阻是必不可少的。页。恶性疟原虫和b。田鼠有着相似的生命周期,宿主细胞,和人畜共患病 - 使刺强有力的竞争者为b。田鼠的DNA传感器。我们推测,刺痛,I型干扰素都需要B的早期间隙。通过吞噬细胞的活化先天响应的一部分田鼠。来测试我们的假设,刺敲除和野生型小鼠感染用b。田鼠。使用流式细胞术,寄生的红血细胞(的PRBC)的百分比超过32天定量。这两个群体的第九天,感染后与KO小鼠平均水平的5.1%和重量平均水平的4.9%,达到高水平的PRBC的。两组由第三十二天清除感染。使用关于每个群体的曲线下的平均面积t检验,我们计算了重量和KO寄生虫血症值是统计学不显着(P = 0.43)。因此,刺被确定为不重要的抗性。 I型干扰素的作用是未知的。
供资提供:健康(Tufts大学)研究所

防晒霜和痣发展之间的关系的调查

凯瑟琳歌曲(2017);附加合作者(S):亚历山大TRAN(科罗拉多大学,丹佛);导师(S):洛瑞起重机(科罗拉多大学丹佛)

摘要:防晒是晋升为防止对黑色素瘤的一种手段,但很少有研究上已经完成。现有的研究表明,争议的结果,一些表明防晒减少黑色素瘤的风险,而另一些表明它具有更大的风险。此外,痣是黑色素瘤的最强的预测因子和一些研究发现,使用防晒霜与高痣计数相关联。通过科罗拉多州的孩子防晒护理程序收集的纵向数据进行分析,以确定使用防晒霜和痣计数之间,15岁时在505拉美裔白人和非西班牙裔的参与者在这个队列的关系。防晒霜使用防晒霜的规模,这是使用答案防晒从父母面试的使用问题产生的形式进行了分析。全身的痣计数是通过皮肤考试决定,自然对数变换后进行分析,以修正正偏态。长期日晒,晒伤,水边的假期,肤色,表型,并使用其他防晒被控制并使用SPSS多元回归方法进行分析样品的不同分层。我们发现,在大多数情况下,防晒霜的使用与痣的数目有关。唯一的例外是在浅色皮肤的孩子从2010 - 2012年超过3个晒伤。这一发现与先前的研究显示一致,有晒伤的阈值之后,风险皮肤癌的增加。同时,发现表型和烈日曝晒变量与痣计数来显著相关,与过去的研究。
资金提供:美国科罗拉多州癌症中心的大学;科罗拉多的癌症联赛